638 DNA + 22 RNA
638 DNA genů a 22 RNA driver genů pro detekci nových a klinicky relevantních fúzí (ALK, ROS1, RET, MET-ex14).
Comprehensive Genomic Profiling
OncoDEEP® — komplexní profiling solidních tumorů
Nejkomplexnější biomarker test od OncoDNA. Jediný multiplex assay pokrývá 638 DNA genů a 22 RNA driverů — SNV, indely, CNV, fúze, TMB, MSI, HRD i LOH ze standardního FFPE vzorku. Cíl: dovést onkologa ke správné léčbě pokročilého solidního tumoru.
- 638 DNA genů v panelu
- 22 RNA driver genů pro fúze
- 1,8 Mb Cílený obsah panelu
- 5 dní Od DNA po klinický report
O testu
End-to-end řešení od vzorku po klinický report
OncoDEEP® je certifikovaný CE-IVD test (IVDR v procesu) pro komplexní genomický profiling solidních nádorů. Z jednoho FFPE vzorku detekuje veškeré klinicky relevantní varianty napříč solidními diagnózami — plíce, prso, kolorektum, ovarium i melanom.
Součástí testu je nejen library preparation kit, ale i sekundární a terciární analýza v proprietární databázi OncoKDM a klinický report v uživatelsky přívětivém softwaru OncoKDM® — s doporučenou léčbou, aktivními klinickými hodnoceními a bibliografií.
Specifikace
Co všechno OncoDEEP® v jednom assayi zvládne
TMB, MSI, HRD, LOH
Kompletní paleta signatur — Tumor Mutational Burden, MicroSatellite Instability, Homologous Recombination Deficiency i LOH v tumor-supresorových genech.
SNV, indely, CNV
Bodové mutace, malé indely, copy-number varianty i TERT promotor v jednom multiplexním záběru.
FFPE vzorek
Standardní FFPE materiál — bez nutnosti fresh-frozen tkáně nebo zvláštního odběru. Kompatibilní s běžnou patologickou pipeline.
CE-IVD certifikace
Kit je certifikovaný jako CE In Vitro Diagnostic. Certifikace podle IVDR je v procesu — v souladu s evropskou regulací.
Multi-platform NGS
Kompatibilita s Illumina NovaSeq 6000, NextSeq 2000, MGI DNBseq G400 i Element Aviti — dle vybavení laboratoře.
Workflow
Od extrakce po report za 5 dní
Kompletní pipeline probíhá u vás v laboratoři. OncoDNA zajišťuje kit, klinickou interpretaci v OncoKDM databázi a finální report v OncoKDM® interface — do 48 hodin po nahrání sekvenačních dat.
- 1
Extrakce DNA/RNA
Standardní izolace nukleových kyselin z FFPE vzorku — vstup do library prep.
- 2
Library preparation
Příprava sekvenační knihovny — plně automatizovaná na Opentrons Flex (viz níže).
- 3
Sekvenování
Kompatibilní s Illumina NovaSeq / NextSeq, MGI DNBseq G400 nebo Element Aviti dle vybavení vaší laboratoře.
- 4
Analýza v OncoKDM
Patentovaný algoritmus s expertním curationem od roku 2012 — denní review specialistou, kontinuální update dle nových publikací.
- 5
OncoKDM® report
Klinický report do 48 hodin: varianty, doporučená léčba, aktivní klinická hodnocení, bibliografie a QC metriky.
Automatizace
Library prep na Opentrons Flex
Library preparation kit OncoDEEP® je plně automation-ready na platformě Opentrons Flex. Robot převezme celý workflow přípravy knihoven — od pipetování reakčních směsí přes čištění SPRI-magnetickými korálky až po ekvimolární pooling. Laboratoř získá reprodukovatelné, škálovatelné výsledky bez rutinního pipetování.
Automatizovaný workflow snižuje hands-on čas na minimum, zvyšuje throughput a odstraňuje běžné zdroje variability. Turnaround celého kitu (extrakce → sekvenátor) klesá až na 48 hodin, výsledky jsou konzistentní napříč šaržemi i operátory.
Méně hands-on času
Rutinní pipetování a čištění se přesouvá na robot — technik se věnuje jen sample loadu a QC.
Vyšší reprodukovatelnost
Stejný protokol, stejné výsledky napříč operátory i směnami — bez human error variance.
Škálovatelný throughput
Souběžný běh více vzorků na 96-kanálové hlavě — z desítek vzorků denně bez přidávání personálu.
48h turnaround
Kompletní sample-to-sequencer workflow s knihovnami připravenými za necelé dva dny.
Opentrons Flex
Otevřený liquid handler pro NGS knihovny
Opentrons Flex je modulární benchtop robot pro liquid handling s otevřeným Python API a swappable pipetami (1-, 8- nebo 96-kanál, 1–1000 µL). 12 slotů na palubě, on-deck termocykler, heater-shaker, temperature module a magnetic block — vše pod jedním dotykovým rozhraním, bez psaní kódu.
- 1-, 8- a 96-kanálové vyměnitelné pipety (1–1000 µL)
- 12 hlavních slotů + 4 staging pozice na palubě
- On-deck moduly: thermocycler, heater-shaker, temp, magnetic block
- Open-source Python API — vlastní i partnerské protokoly
- Rozměry 87 × 69 × 84 cm — pod poloviční laboratorní stůl
Video
Opentrons Flex v akci
Krátké video výrobce představuje platformu Flex — deck, moduly a workflow pro NGS library prep.
Pojďme začít
Chcete OncoDEEP® ve své laboratoři?
Rádi projdeme technické požadavky, pomůžeme s validací assayi, integrací do Opentrons Flex a s napojením OncoKDM® reportu do vaší kliniky. Nezávazná konzultace v ČR i SR.