Společnost Biomodal se pyšní unikátní technologií, která umožňuje získat z vašeho vzorku DNA více informací než kdy dřív. Co když čtyřmi bázemi genetika nekončí, ale teprve začíná?
Objevte sílu 6 bází genomu
Řešení duet multiomics evoC vám umožňuje přístup k šestibázovému genomu – to znamená všechny čtyři kanonické báze a zároveň 5-metylcytosin (5mC) a 5-hydroxymetylcytosin (5hmC) – z jediného vzorku DNA o velikosti 5 ng, v jediném experimentu, s vysokou přesností.
Genetika sama o sobě neříká vše
Porozumění genomice a epigenomice zároveň pomocí multiomického přístupu může poskytnout cenné informace o dynamickém stavu buňky. Různé epigenetické modifikace cytosinu jsou především klíčovou složkou regulace genové exprese.
Kde multiomická data využít?
Porozumění genomice a epigenomice zároveň pomocí multiomického přístupu může poskytnout cenné informace o dynamickém stavu buňky. Různé epigenetické modifikace cytosinu jsou především klíčovou složkou regulace genové exprese.
Výzkum nádorových onemocnění
Multiomická analýza nabízí hlubší pochopení příčin nádorových onemocnění. Naše technologie vám umožňuje multiomický výzkum pomocí vaší stávající infrastruktury pro sekvenování DNA.
Neurodegenerativní onemocnění
Odhalte roli metylace DNA u nejběžnějších neurodegenerativních onemocnění a identifikujte potenciální cíle pro terapeutické postupy.
Tekutá biopsie
Zvyšte účinnost detekce a monitorování onemocnění díky výborné citlivosti a nízkému vstupnímu množství DNA.
Stárnutí
Studujte ukazatele biologického věku, abyste porozuměli nemocem souvisejícím s věkem, včetně Alzheimerovy choroby, osteoporózy, cukrovky typu II a chronických srdečních onemocnění.
Precizní medicína
Pomocí multiomické analýzy identifikujte cíle pro terapeutické postupy přizpůsobené genetice a epigenetice jednotlivce.
Neinvazivní prenatální testování (NIPT)
Kombinace genetického a epigenetického sekvenování DNA má potenciál zkrátit dobu potřebnou k detekci komplikací a významných genetických a epigenetických odchylek u plodu.
Jak metoda funguje
Metoda chytře využívá enzymy metyltransferázu, cytosin deaminázu a TET dioxygenázu k tomu, aby byly modifikace DNA spolehlivě přeneseny do sekvence kanonických bází. Takovou sekvenci už je pak možné přečíst na vašem sekvenátoru a následně softwarově přeložit zpátky do původní podoby.
Kompletní workflow
Společnost Biomodal přináší metodu snadno adoptovatelnou ve vaší laboratoři, a pokrývá svým řešením nejen laboratorní přípravu, ale i následné vyhodnocení dat a QC.
Představujeme modality XPLR
Modality XPLR je softwarový nástroj určený pro vědce a translační výzkumníky k odhalování epigenetických znaků souvisejících s nemocemi, propojování metylačních dat s genovou regulací a objevování biomarkerů.
Nástroj poskytuje kompletní terciární analýzu multiomických dat včetně určování tzv. diferenciálně metylovaných oblastí (DMRs) a pokročilé vizualizace připravené k publikování.
Data šestibázového genomu umožňují porovnat funkčně odlišné skupiny 5mC a 5hmC a díky tomu získat lepší pochopení biologických procesů stárnutí a odhad biologického věku jedince i jednotlivých tkání.
Objevujte smysluplné epigenetické změny pomocí detekce DMRs
Modality XPLR usnadňuje identifikaci diferenciálně metylovaných oblastí (DMRs) v genomu. Flexibilní definice oblastí prostřednictvím vstupního BED souboru, robustní statistické testování a pokročilé korekční metody vám pomohou určit rozdílnou metylaci, odhalit znaky onemocnění, vhodnou odpověď na léčbu nebo identifikovat biomarkery.
5mC DMRs porovnané napříč vzorky cfDNA zdravých kontrolních osob a osob s kolorektálním karcinomem ve stádiu IV, vykazující vysokou hustotu hypometylace 5mC (negativní rozdíl v modifikaci ve srovnání s kontrolními vzorky), která je typicky spojena s genovou represí.
Posuňte se nad rámec technické QC a odhalujte biologické souvislosti
S modality XPLR můžete rozšířit základní sekvenační kontroly o testy, které pomohou porozumět vašim datům v biologickém kontextu. Biologické nástroje pro kontrolu kvality umožňují identifikovat vzorce a vztahy v multiomických datech pomocí intuitivních korelačních matic a PCA grafů. Okamžitě vizualizujte podobnosti vzorků, odhalte odlehlé hodnoty, rozlišujte podtypy a přečtěte kontext biologických signálů – abyste mohli výsledky s důvěrou interpretovat a na jejich základě jednat.
Korelace frakcí 5hmC v kódujících oblastech genů (hg38) mezi vzorky tkání. Tyto grafy lze použít k pozorování vztahů mezi 5mC a 5hmC a jsou standardně zahrnuty do protokolu o biologické kontrole kvality XPLR.
Zasazení objevů do biologického kontextu
Jděte nad rámec souhrnných statistik a vizualizujte změny metylace v biologickém kontextu přímo v grafech genových stop. Propojte DMRs s konkrétními geny, promotory a regulačními prvky, což usnadní interpretaci výsledků, identifikaci biologicky relevantních změn a pochopení role 5mC a 5hmC v dynamice genomu. Okamžitě propojte své poznatky s funkční genomikou a urychlete biologické objevy.
Graf průběhu genu ENGASE, který ukazuje hypometylovaný 5mC DMR ve vzorcích cfDNA zdravé kontroly a kolorektálního karcinomu ve stadiu IV. Graf znázorňuje úroveň metylace, rozdíl metylace oproti kontrole, velikost DMR (rozsah a síla rozdílu mezi skupinami) a anotace genomu. Signifikance DMR (p-hodnota) je označena počtem hvězdiček (≤0,001).
Nacházejte v datech charakteristické rysy
Efektivně formujte subsety, vytvářejte sestavy nebo vizualizujte a exportujte četnost metylací do formátů podporovaných komunitou (CX Report, bedmethyl, bedgraph a Bismark). Nástroje pro hledání a extrakci charakteristických vlastností umožňují nacházet ve vašem datasetu skutečně informativní data. Zkuste například studovat statistiky jednotlivých regionů na základě anotací genomu nebo výsledků DMR analýzy
