74 genů
Hybrid-capture panel s pokrytím klíčových onkologicky relevantních genů napříč nejčastějšími solidními nádory.
Targeted Liquid Biopsy Assay
OncoSELECT® — targetovaný liquid biopsy z plazmy
Kit speciálně vyvinutý pro tekutou biopsii. 74 klíčových genů, LOD až 0,25 % VAF u SNV a indelů. Ze standardních 20 ng cfDNA extrahované z plazmy získáte kompletní paletu variant — SNV, indely, CNV, fúze, TERT promotor i sestřihové varianty — s klinickým reportem do 5 dnů.
- 74 genů v panelu
- 0,25 % LOD u SNV a indelů
- 5 dní Od vzorku po klinický report
- > 99 % Specifita napříč variantami
O testu
Liquid biopsy pro pacienty se solidními nádory
OncoSELECT® je hybrid-capture panel pro sledování 74 klíčových onkologicky relevantních genů v cirkulující nádorové DNA (ctDNA). Byl vyvinut a optimalizován pro tekutou biopsii z krevní plazmy.
Součástí řešení je i platforma OncoKDM® na kompletní analýzu dat až po klinický report včetně doporučené léčby a klinických studií.
Specifikace
Co OncoSELECT® nabízí
Široké spektrum variant
SNV, indely, CNV, genové fúze / translokace, TERT promotor a sestřihové varianty — v jednom panelu.
20 ng cfDNA
Doporučený vstup je 20 ng kvalitní cfDNA z plazmy. Kompatibilní se standardními izolačními kity (Norgen, QIAGEN…).
~ 20 000× coverage
120 M paired-end readů na vzorek zajišťuje průměrnou hloubku 19 000–20 000× — dostatečnou pro detekci nízkofrekvenčních variant.
UMI
OncoSELECT využívá technologii UMI (Unique Molecular Identifiers) pro zvýšení přesnosti detekce nízkofrekventních variant.
Sekvenační platformy
Validovaný na NextSeq 550 High Output a NovaSeq 6000 (SP / S1 / S2). Validace na Element a MGI probíhá.
Analytické parametry
Ověřené parametry napříč typy variant
Limit detekce (LOD) je definován jako nejnižší VAF, při kterém alespoň 95 % replikátů poskytne pozitivní výsledek. Data z validační studie OncoDNA:
| Typ varianty | LOD (VAF) | Senzitivita | Specifita | Přesnost |
|---|---|---|---|---|
| SNV | 0,25 % | 96,88 % | > 99 % | > 99 % |
| Indely | 0,25 % | 96,93 % | > 99 % | > 99 % |
| Fúze | 0,5 % | 97,60 % | > 99 % | > 99 % |
| CNV | 1 % | > 99 % | > 99 % | > 99 % |
Příklad počtu vzorků na běh
- NextSeq 550 High Output 6 vzorků / run
- NovaSeq 6000 SP 12 vzorků / run
- NovaSeq 6000 S1 24 vzorků / run
- NovaSeq 6000 S2 48 vzorků / run
Workflow
Od vzorku po report za 5 dní
Kompletní příprava probíhá u vás v laboratoři. OncoDNA dodává kit, analytické zpracování i klinicky orientovaný report v platformě OncoKDM® — s expertní kontrolou před doručením.
- 1
Izolace cfDNA
Izolace cirkulující DNA z plazmy pacienta — doporučených 20 ng kvalitní cfDNA na vstup do přípravy knihovny.
- 2
Příprava knihovny
Příprava sekvenační knihovny — kompatibilní s Twist-based protokoly a automatizací na Opentrons Flex.
- 3
Hybrid capture
Cílené obohacení 74 genů — Twist Bioscience hybrid-capture protokol s uniformním pokrytím.
- 4
Sekvenování
Kompatibilní se sekvenátory Illumina. Validace na Element a MGI probíhá.
- 5
OncoKDM® report
Od sekundární a terciární analýzy po klinický report v OncoKDM®.
Klinické využití
Kde OncoSELECT® přináší odpovědi
Volba léčby
Identifikace klinicky cílitelných variant, na které lze cílit dostupnou terapii — přímo z plazmy, bez nutnosti biopsie tkáně.
Heterogenita onemocnění
Průřezový pohled napříč všemi metastázami — něco, co jedna tkáňová biopsie nezachytí.
Vhodnost pro klinická hodnocení
Screening pacientů pro klinické studie podle konkrétních variant.
Pojďme začít
Chcete OncoSELECT® ve své laboratoři?
Rádi s vámi projdeme technické požadavky, zaškolíme, pomůžeme s validací kitu i integrací do Opentrons Flex.