Kanonické dráhy
Porovnává vaše data s odborně zpracovanými signálními a metabolickými drahami a předpovídá, které z nich jsou aktivovány nebo inhibovány.
Analýza drah · kurátorovaná znalostní báze
QIAGEN IPA — biologický význam omických dat
QIAGEN IPA je platforma pro analýzu a biologickou interpretaci omických dat s využitím odborně spravované databáze genů, biologických drah, regulátorů a molekulárních interakcí. Pomáhá vysvětlit, které biologické procesy a regulační mechanismy stojí za pozorovanými změnami v analyzovaných datech.
- 25+ let Odborně zpracovávané literatury
- 21 Typů analýz
- 250 tis.+ Veřejných datasetů pro porovnání
- 40 tis.+ Uživatelů po celém světě
Co je IPA
Od seznamu genů k biologickému významu a vysvětlení
IPA je platforma pro následnou biologickou interpretaci výsledků omických experimentů. Pracuje se seznamy genů, proteinů nebo metabolitů a propojuje je s biologickými drahami, regulátory, onemocněními a léčivy. Pomáhá tak odpovědět na otázku, co může stát za pozorovanými změnami v analyzovaných datech.
Databázi a software IPA buduje QIAGEN více než 25 let. Kliničtí a vědečtí odborníci průběžně vyhodnocují publikovanou literaturu a zaznamenávají experimentálně doložené vztahy mezi molekulami. Nad touto databází pak fungují výpočetní modely biologických drah a jejich vzájemných interakcí.
IPA v číslech
Rozsah znalostní báze a analýz
- 25+ let Odborně zpracovávané literatury
- 21 Typů analýz
- 250 tis.+ Veřejných omických datasetů pro porovnání
- 10 tis.+ Biologických drah, regulátorů a funkcí
Typy analýz
Jak s daty IPA pracuje
IPA pracuje s daty z RNA-seq, proteomiky, fosfoproteomiky, metabolomiky a microarray analýz. Pro analýzu postačí i jednoduchý seznam genů nebo molekul.
Upstream regulátory
Identifikuje transkripční faktory, kinázy, léčiva a další regulátory, které mohou vysvětlit pozorované změny v datech.
Kauzální vztahy
Sestavuje hierarchické regulační sítě a identifikuje nadřazené regulátory působící prostřednictvím navazujících regulačních kaskád.
Onemocnění a biologické funkce
Ukazuje, které biologické funkce, onemocnění a toxikologické procesy mohou být v analyzovaných datech ovlivněny.
Porovnání datasetů
Umožňuje porovnat více experimentů současně a zobrazit rozdíly v predikovaných drahách a biologických procesech.
Analysis Match
Porovnává váš výsledek s více než 250 000 veřejně dostupnými omickými datovými soubory a vyhledává podobné profily.
Proč IPA
Co IPA přináší laboratoři
Experimentálně doložené vztahy
Obsah vychází z odborného hodnocení původních publikací, nikoli pouze z automatizovaného text-miningu. Jednotlivé vztahy jsou podloženy experimentálními daty.
Predikce aktivity, ne jen seznam drah
IPA neurčuje pouze, zda je daná dráha nebo funkce ovlivněna, ale také predikuje, zda je aktivována nebo inhibována.
Bez nutnosti programování
Analýzu lze provádět v grafickém rozhraní bez nutnosti psaní kódu. Výstupy lze přímo využít v prezentacích nebo publikacích.
Různé typy omických dat
RNA-seq, proteomika, fosfoproteomika, metabolomika i microarray data v jednom analytickém prostředí.
Napojení na veřejná data
Vlastní výsledky lze porovnávat s rozsáhlou kolekcí veřejných datasetů a zjistit, zda odpovídají známým biologickým vzorcům nebo se od nich liší.
Široce citovaný nástroj
IPA je citována v desítkách tisíc odborných publikací, včetně publikací v časopisech Nature, Cell, Science a PNAS.
Novinky
Umělá inteligence v IPA
IPA Investigator (beta)
Asistent přímo v IPA Desktop. Odpovídá na biologické otázky, vysvětluje výsledky a na požádání provádí další kroky analýzy.
IPA Interpret
Webové rozhraní se souhrny generovanými pomocí umělé inteligence. Výsledky lze sdílet a vizualizace upravit pro prezentace nebo publikace.
Prohlížeč single-cell experimentů
Predikovanou aktivitu biologických drah, regulátorů a funkcí lze zobrazit přímo na úrovni jednotlivých buněk.
Aplikace
Hlavní oblasti využití IPA
Vývoj léčiv
Identifikace terapeutických cílů, objasnění mechanismu účinku a predikce nežádoucích účinků z transkriptomických dat.
Onkologický výzkum
Analýza biologických drah a regulátorů souvisejících s nádorovým fenotypem a identifikace kandidátních biomarkerů.
Translační výzkum
Propojení výsledků z modelových systémů s pacientskými vzorky a porovnání biologických vzorců mezi datovými soubory.
Toxikologie
Analýza toxikologických funkcí a biologických drah ve studiích bezpečnosti, včetně fosfoproteomických dat.
Single-cell analýzy
Biologická interpretace single-cell dat na úrovni jednotlivých buněk a buněčných populací.
MicroRNA a epigenetika
Analýza microRNA, jejich cílových genů a souvislostí s naměřenou genovou expresí.
Pojďme začít
Chcete IPA vyzkoušet?
Rádi vám IPA ukážeme na vašich datech, projdeme typy analýz a domluvíme zkušební přístup i zaškolení.