Genom i epigenom z jednoho vzorku
Varianty, CNV, methylace i hydroxymethylace ze stejné knihovny. Vzorek se nemusí dělit mezi paralelní protokoly.
Šest bází · multiomika na NGS
Biomodal — genetika a epigenetika v jednom experimentu
Biomodal je britská biotechnologická společnost. Vyvíjí duet multiomics solution — postup, který z jedné knihovny přečte čtyři kanonické báze DNA (A, C, G, T) i epigenetické modifikace, a to zvlášť 5mC a 5hmC. Nepoužívá bisulfitovou konverzi a vystačí si s 5 ng vstupní DNA.
- 6 bází A · C · G · T · 5mC · 5hmC
- 1 Postup místo tří paralelních
- 5 ng Minimální vstup DNA
- 1× Jeden běh, jeden vzorek
O společnosti
Multiomika z jednoho sekvenačního běhu
Běžně se genetická a epigenetická informace získává třemi paralelními cestami — WGS pro varianty, bisulfitové sekvenování pro methylaci a oxBS pro hydroxymethylaci. Biomodal je nahrazuje jedním postupem od vzorku po sekvenátor. Výsledkem je genom o šesti bázích z jedné knihovny, jednoho čipu a jednoho bioinformatického zpracování.
Pro laboratoř to znamená víc dat ze stejného vzorku a méně manipulace s DNA. Zároveň lze pracovat se vstupy od 5 ng, kde by bisulfitový protokol templát poškodil nebo na něj nestačil.
Technologie
duet multiomics — jedna knihovna, šest bází
duet™ multiomics solution je enzymatický protokol, který DNA nepoškozuje. Stav modifikovaného cytosinu zaznamená už během přípravy knihovny, a to na úrovni jednotlivé báze. Hotová knihovna běží na běžných sekvenátorech pro krátká čtení. Bioinformatika pak pro každou pozici vrátí zvlášť kanonickou bázi a zvlášť methylační či hydroxymethylační stav.
Proti bisulfitovému sekvenování nedochází k rozsáhlému poškození DNA, takže postup zvládne velmi nízké vstupy, cfDNA i FFPE materiál. A proti běžnému EM-seq navíc odliší 5mC od 5hmC, bez druhého paralelního běhu.
Bez poškození bisulfitem
Enzymatický přístup DNA šetří. Z 5 ng vstupu vznikne použitelná knihovna i z cfDNA a FFPE materiálu.
Odliší 5mC od 5hmC
Bisulfit ani běžný EM-seq obě modifikace cytosinu nerozliší. Biomodal je odděluje s rozlišením na jednu bázi.
Běžný postup nezávislý na platformě
Knihovna běží na standardních sekvenátorech pro krátká čtení — bez zvláštní chemie, čipů nebo přístrojů.
Nižší náklady na výsledek
Jeden běh místo tří paralelních protokolů znamená nižší náklady na reagencie, sekvenování i práci technika.
Zpracování dat v ceně
Software modality XPLR zpracuje data o šesti bázích od surových čtení až po popsaná methylační místa.
Video
Jak duet funguje
Krátké video přímo od Biomodalu ukazuje princip postupu se šesti bázemi — od přípravy knihovny po zpracování dat.
Aplikace
Kde data o šesti bázích přinášejí odpovědi
Onkologický výzkum
Současná detekce driverových mutací, změn počtu kopií i methylační signatury nádoru. Z jednoho FFPE nebo čerstvého vzorku.
Tekutá biopsie
cfDNA v plazmě: nízké vstupy, fragmentovaná DNA a možnost zachytit epigenetickou signaturu tkáně původu.
Neurodegenerativní nemoci
5hmC je v mozkové tkáni výrazně obohacený a mění se u Alzheimerovy i Parkinsonovy nemoci. Biomodal ho umí spolehlivě mapovat.
Stárnutí a dlouhověkost
Epigenetické hodiny stavěné na 5mC a 5hmC. Přesnější odhad biologického věku i odpovědi na intervenci.
NIPT a prenatální genetika
Fetální cfDNA v mateřské plazmě. Kombinace genetického a methylačního signálu zvyšuje citlivost detekce.
Fragmentomika cfDNA
Analýza velikostí fragmentů a koncových motivů cfDNA. Pro časnou detekci a určení tkáně původu.
Portfolio
Produkty v nabídce Biomodalu
duet multiomics solution evoC
Plné sekvenování šesti bází — čtyři kanonické plus 5mC a 5hmC zvlášť. Standardní vstup. Pro WGS, methylom i hydroxymethylom z jednoho běhu.
duet multiomics solution +modC
Levnější varianta — čtyři kanonické báze a souhrnně modifikovaný cytosin. Dává smysl tam, kde nepotřebujete rozlišit 5mC od 5hmC.
duet mosaic (+modC / 6-base)
Řada kitů vyladěná na cfDNA z krevní plazmy. Genetickou, epigenetickou i fragmentomickou informaci přečte ze stejné molekuly cfDNA, v jednom postupu připraveném na automatizaci. Varianta +modC čte modifikovaný cytosin souhrnně, 6-base rozliší 5mC a 5hmC.
modality XPLR v1.1.0
Nástroj na zpracování dat o šesti bázích, od surových čtení po popsaná methylační místa. Komponenta modality Viewer je zatím v beta verzi.
Řešení na míru
Upravené protokoly a panely pro konkrétní aplikace — od cíleného obohacení po projekty s vlastními požadavky na sekvenování.
Pojďme začít
Zajímá vás sekvenování šesti bází?
Projdeme technické požadavky, parametry vzorků i zapojení do vašeho postupu na sekvenátorech pro krátká čtení. Konzultace je nezávazná, v ČR i SR, a můžeme nabídnout kit na vyzkoušení.