Optimalizace v každé jamce
Každý vzorek dostane tolik cyklů, kolik odpovídá jeho výchozí koncentraci. Vzorky s vyšším vstupem se zastaví dřív, nízké vstupy běží déle. Všechny skončí na porovnatelné koncentraci a odpadá rozdíl mezi destičkami.
iconPCR · AutoNorm · řízení v každé jamce
N6 iconPCR — samostatně řízená amplifikace v každé jamce
N6 Tec vyrábí termocyklér, který řídí amplifikaci v každé jamce samostatně a v průběhu reakce. Technologie AutoNorm nahrazuje pevný počet cyklů, omezuje vznik chimér z nadměrné amplifikace a ruší samostatný krok kvantifikace a normalizace. Pracuje s běžnými kity na přípravu NGS knihoven, takže nejste vázaní na jednoho dodavatele.
- každá jamka Řízená nezávisle na ostatních
- průběžně Zpětná vazba během PCR
- 2 formáty icon96 (96 jamek) a icon16 (16 jamek)
- 10–100 µl Objemový rozsah obou přístrojů
O společnosti
iconPCR mění způsob, jak se amplifikují NGS knihovny
N6 Tec je americká biotechnologická společnost, která vyvíjí přístroje pro přípravu NGS knihoven. Její hlavní technologií je iconPCR — termocyklér se systémem AutoNorm. Ten sleduje průběh amplifikace v každé jamce zvlášť a reakci ukončí ve chvíli, kdy vzorek dosáhne cílové koncentrace. Odpadá tak pevně nastavený počet cyklů pro celou destičku.
Prakticky to znamená méně chimér, vyrovnanější výstup napříč vzorky a vyšší úspěšnost u nízkých vstupů a poškozeného materiálu, tedy u FFPE a cfDNA. Kvantifikace a normalizace proběhne rovnou v termocykléru. Použití je široké — celogenomové a exomové sekvenování, sekvenování RNA, jednobuněčné metody, metagenomika 16S, cílené onkologické panely i vývoj nových testů.
Jak funguje iconPCR
Podívejte se na technologii AutoNorm
Krátké video od N6 vysvětluje, jak průběžné řízení amplifikace v jednotlivých jamkách mění postup přípravy knihoven.
Technologie AutoNorm
Amplifikace se zpětnou vazbou v jamce, ne na destičce
Běžný termocyklér pustí všechny jamky stejným počtem cyklů. AutoNorm to obrací — každá jamka má vlastní detektor a vlastní bod ukončení. Reakce se zastaví, jakmile je vzorek hotový.
Normalizace přímo v přístroji
Protože přístroj měří průběžně, vycházejí vzorky už normalizované. Odpadá ruční kvantifikace na Qubitu nebo TapeStation, ředění i druhé přeměření. Z jedné reakce vyjde knihovna připravená ke sloučení do poolu.
Méně chimér a artefaktů
Reakce se ukončí dřív, než dojde do fáze plató. Tím se omezí chiméry z nadměrné amplifikace, duplicitní artefakty i zkreslení, které jinak deformuje určování variant a expresní data. Knihovny vycházejí vyrovnaněji napříč běhy bez ohledu na to, kdo je připravoval.
Záchrana obtížných vzorků
FFPE, cfDNA i materiál z jednotlivých buněk potřebují víc cyklů než běžné vstupy. AutoNorm to rozpozná sám, takže se pro každý typ vzorku nemusí ladit křivka zvlášť.
Aplikace
Kde iconPCR zkracuje cestu k datům
Metagenomika 16S
Amplifikace úseků 16S rRNA s vyrovnanou hloubkou napříč vzorky, bez rozdílů mezi destičkami, které jinak deformují výsledky diverzity. Funguje i pro 16S v plné délce na PacBio — ověřeno v publikaci USDA.
Nízké vstupy a poškozený materiál
FFPE, cfDNA i silně degradovaná starobylá DNA, tedy materiál, se kterým si běžné PCR protokoly občas neporadí. AutoNorm zvyšuje úspěšnost běhů a snižuje počet opakování.
Celogenomové a exomové sekvenování
Příprava knihoven s normalizací v každé jamce. Hotové knihovny jdou rovnou do poolu bez samostatného měření qPCR.
Sekvenování RNA
Vyrovnaná amplifikace zachová vzájemné poměry transkriptů. Méně zkreslení v expresních profilech i v analýze rozdílné exprese. Funguje i u knihoven malých RNA.
Jednobuněčné sekvenování RNA
Nízké vstupy z jednotlivých buněk často potřebují víc cyklů. AutoNorm to řeší sám, bez ručního ladění pro každou populaci buněk.
Vývoj a validace testů
Ověřování nových indexových sad, primerů i celých testů. Průběžná data ukážou, jak si chemie vede jamku po jamce.
Přístroje N6
Dva formáty iconPCR — stejná technologie, jiná kapacita
icon96
- AutoNorm sleduje všech 96 jamek zvlášť
- Připravený na automatizaci — rozhraní REST API a běh bez obsluhy pro zapojení do robotické linky
- Standardní 96jamková destička, tedy kompatibilita s vaším spotřebním materiálem
- Míří na genomická jádra, akademická sekvenační centra, smluvní laboratoře a větší provozy
Typické využití:
Celogenomové sekvenování, sekvenování RNA, metagenomika, cílené onkologické panely, populační genomika
icon16
- Stejná technologie AutoNorm jako u icon96
- Určený pro ruční práci, robota nepotřebuje
- Kompaktní rozměry, vejde se na běžný laboratorní stůl
- Míří na menší výzkumné skupiny, translační výzkum a klinické výzkumné programy
Typické využití:
Jednobuněčné sekvenování RNA, prostorová transkriptomika, cfDNA a minimální reziduální nemoc, vzácná onemocnění, vývoj testů
Pojďme začít
Zajímá vás iconPCR pro vaši laboratoř?
Můžeme ukázat přístroj naživo, projít úspory proti dosavadnímu postupu a domluvit ověření na vašich vzorcích. Konzultace je nezávazná, v ČR i SR.