Méně zkreslení při ligaci
Jediný adaptér a cirkularizace místo ligace dvou adaptérů, jejichž účinnost závisí na sekvenci.
RNA fragmentomika · malé RNA
RealSeq — NGS knihovny z malých RNA a fragmentů RNA
RealSeq Biosciences vyvíjí kity na přípravu NGS knihoven z malých RNA a fragmentů RNA. Místo dvou adaptérů používá jediný adaptér a cirkularizaci. Zkreslení při ligaci je tak výrazně menší. Knihovny jsou připravené pro sekvenátory Illumina.
- 1 adaptér Místo dvou, s cirkularizací
- 384 Kombinací čárových kódů (dual index)
- 12 / 48 Reakcí v balení každého kitu
- Illumina Knihovny připravené k sekvenování
O společnosti
RNA fragmentomika pro hledání nových biomarkerů
RealSeq Biosciences je americká společnost založená v roce 2019. Zaměřuje se na RNA fragmentomiku — analýzu malých RNA a fragmentů RNA, které běžné kity na přípravu knihoven zachytí jen zčásti.
Kity RealSeq připravují knihovny pro sekvenátory Illumina ze vzorků tkání, buněk, tělních tekutin i vzorků z prostředí. Uplatní se v onkologii, u infekčních nemocí i v zemědělství.
RiboMarker®
Malé RNA i fragmenty RNA v jedné reakci
RiboMarker® je kit na přípravu NGS knihoven pro komplexní profilování RNA. Zachytí malé RNA, jako jsou miRNA a siRNA, i fragmenty lncRNA, mRNA a tRF/tDR kratší než 100 nt. Funguje i s nízkým vstupem RNA a se vzorky s nízkým RIN.
Běžné kity pro malé RNA zachytí jen molekuly s konci 5′-P a 3′-OH, typicky miRNA. Ty tvoří asi 10 % malých RNA ve vzorku. RiboMarker® podle výrobce zachytí i zbylých 90 %, které standardním postupům unikají.
RiboSpike je směs 20 oligonukleotidů o délce 20–60 nt. Slouží k normalizaci, ověření záchytu podle délky a kontrole kvality postupu.
- Vstup
- 40–80 µl plazmy nebo séra, 10–50 ng buněčné RNA
- Vzorky
- tělní tekutiny, tkáně, vzorky z prostředí
- Indexování
- kombinatorický dual index, až 384 kombinací
- V balení
- činidlo pro výběr velikosti, PCR primery s čárovými kódy, RNA spike-in RiboSpike
- Postup
- 8 kroků ve dvou dnech
- Balení
- 12 a 48 reakcí (kat. č. 400-00012, 400-00048)
Technologie
Jeden adaptér a cirkularizace
Většina zkreslení u knihoven malých RNA vzniká při ligaci dvou adaptérů na 3′ a 5′ konec. Účinnost ligace závisí na sekvenci, takže se některé molekuly do knihovny dostanou výrazně hůř. Podle výrobce může běžný postup některé malé RNA podhodnotit až 10 000krát.
RealSeq používá jediný adaptér a RNA s adaptérem cirkularizuje. Zkreslení při ligaci se tím výrazně snižuje. Metodu výrobce publikoval v Genome Biology (2018), kit RiboMarker® v časopise RNA (2026).
Postup přípravy knihovny
- 1Ligace adaptéru
- 2Blokace adaptéru
- 3Cirkularizace
- 4Odstranění dimerů
- 5Reverzní transkripce
- 6PCR s čárovými kódy
- 7Výběr velikosti (SPRI)
RiboMarker® má před ligací navíc krok předúpravy RNA.
Bez gelu
Dimery adaptérů se odstraňují magnetickými kuličkami RealSeq® Beads. Knihovnu není potřeba vyřezávat z gelu.
Nízký vstup
RealSeq®-Biofluids pracuje už s 50 µl plazmy. Protokol RiboMarker® má postup pro méně než 100 pg RNA.
Kompatibilní s TruSeq
Data z knihoven lze zpracovat nástroji pro knihovny Illumina TruSeq Small RNA.
Až 384 vzorků v běhu
Kity s dual indexem (RiboMarker®, RealSeq® Dual) nabízejí až 384 kombinací čárových kódů.
RNA spike-in v balení
RiboSpike v kitu RiboMarker® slouží k normalizaci a kontrole kvality postupu.
Portfolio
Kity RealSeq
Kity jsou v balení po 12 a 48 reakcích a připravují knihovny pro sekvenátory Illumina. Jsou určené pouze pro výzkum (RUO).
RiboMarker® RNA Fragmentomics Library Preparation Kit
Malé RNA i fragmenty lncRNA, mRNA a tRF/tDR v jedné reakci. Pro tělní tekutiny, tkáně i vzorky z prostředí. Dual index až pro 384 vzorků, RiboSpike v balení.
RealSeq®-AC Small RNA Library Preparation Kit
Knihovny malých RNA (15–35 nt) z RNA z tkání a buněk. Vstup 1–1 000 ng celkové RNA, doporučeno 100 ng a RIN nad 7. Single index, 48 čárových kódů.
RealSeq®-Biofluids Small RNA Library Preparation Kit
Knihovny malých RNA (15–35 nt) z tělních tekutin a dalších vzorků s nízkou koncentrací RNA. Protokol je optimalizovaný na RNA z 200 µl plazmy. Single index. Nehodí se pro plazmu s heparinem.
RealSeq® Dual Small RNA Library Preparation Kit
Knihovny malých RNA (15–35 nt) z tkání, buněk i tělních tekutin. Vstup 1 ng – 1 µg celkové RNA. Kombinatorický dual index až pro 384 vzorků.
RealSeq® Index Primers
Sady PCR primerů s čárovými kódy, 12 kódů v sadě. Pro laboratoře, které potřebují víc čárových kódů.
Aplikace
Kde se RealSeq používá
Onkologie
Tekuté biopsie a hledání biomarkerů pro včasný záchyt nádorů a sledování průběhu léčby.
Infekční nemoci
Biomarkery infekcí způsobených houbami, viry, bakteriemi a parazity.
Tělní tekutiny
Cirkulující miRNA a cfRNA z plazmy, séra, moči, plné krve, slin nebo mozkomíšního moku. Také extracelulární vezikuly a exozomy.
Zemědělství a rostliny
Genetika rostlin a zvířat, malé RNA rostlin včetně phasiRNA a profilování půdní mikroflóry.
Pojďme začít
Zajímá vás RealSeq pro vaši laboratoř?
Pomůžeme vybrat kit podle typu vzorku, množství RNA a počtu vzorků. RealSeq zastupujeme v ČR, SR a PL. Konzultace je nezávazná.