Na počítači · na serveru · v cloudu · ISO 9001
CLC Genomics je komplexní bioinformatická platforma, která má odstranit nesnáze při zpracování dat. Nabízí desktopovou, serverovou i cloudovou verzi a vyhovuje tak jednotlivcům i větším týmům. Analytické workflow lze sestavovat v grafickém rozhraní bez nutnosti programování. Software je certifikován podle ISO 9001 a podporuje analýzu krátkých i dlouhých čtení z běžně používaných sekvenačních platforem.
QIAGEN CLC Genomics je sada bioinformatických nástrojů pro analýzu sekvenačních a dalších omických dat. Je určena uživatelům, kteří nechtějí nebo nepotřebují vytvářet vlastní workflow v prostředí Bash nebo Python. Analytické postupy lze sestavovat v intuitivním grafickém rozhraní metodou drag-and-drop a výsledky jsou dostupné ve formě interaktivních vizualizací a přehledných tabulek vhodných pro další zpracování například v Excelu. Platformu využívají laboratorní analytici, translační výzkumníci, molekulární patologové i studenti. Certifikace ISO 9001 se vztahuje na proces vývoje softwaru a potvrzuje jeho řízenou kvalitu.
CLC Genomics podporuje data z běžně používaných sekvenačních platforem, včetně Illumina, Ion Torrent, Oxford Nanopore, PacBio, MGI a Sangerova sekvenování, a lze jej provozovat na různých operačních systémech. Nabízí předpřipravená workflow pro rychlé spuštění analýzy, která lze dále upravovat podle vlastních potřeb. Řešení lze škálovat od samostatné desktopové instalace přes podnikový server až po cloudové prostředí AWS pro vysokokapacitní automatizaci a větší počet uživatelů.
Každodenní laboratorní analýza
Škálovatelné NGS řešení zahrnující všechny funkce varianty Main
Pro celé pracoviště, libovolný počet uživatelů
Bioinformatika dostupná odkudkoli
Workflow lze sestavovat pomocí drag-and-drop rozhraní bez nutnosti znalosti Bash nebo Pythonu.
Podpora dat z platforem Illumina, Ion Torrent, Oxford Nanopore, PacBio, BGI/MGI a Sangerova sekvenování v jednom prostředí.
Předpřipravená workflow pro RNA-seq, DNA-seq, methylaci, detekci variant, single-cell analýzu a další aplikace s možností vlastních úprav.
Efektivní algoritmy na sestavení nových genomů bez referenční sekvence — mikroorganismy, dosud nepopsané druhy i nové viry.
Zobrazení mapování, tabulky variant, heatmapy exprese i fylogenetické stromy. Vše v jednom prostředí.
CLC lze rozšířit o 6 specializovaných modulů pro mikrobiologii, single-cell analýzu, biomedicínskou genomiku, whole-genome alignment, LightSpeed NGS a dokončování genomů.
Typizace mikroorganismů, detekce antimikrobiální rezistence, vyhledávání a anotace genů, taxonomická a funkční analýza mikrobiomu.
Komplexní sada nástrojů pro single-cell analýzu: genová exprese, prostorová transkriptomika, imunitní repertoár, dostupnost chromatinu a další analýzy.
Připravená workflow pro analýzu lidských, myších a potkaních dat, včetně dědičných onemocnění a detekce somatických variant.
Porovnání a zarovnání celých genomů pro studium evolučních vztahů.
Vysoce rychlé zpracování NGS dat pro analýzu dědičných i somatických variant s automatickým zpracováním surových FASTQ dat.
Specializovaná sada nástrojů pro dokončování a uzavírání vysoce kvalitních genomových sestav.
Rozdíly v expresi, alternativní sestřih, detekce izoforem a analýza malých RNA. Přehledné vizualizace zahrnují heatmapy diferenciálně exprimovaných genů a volcano ploty.
Detekce somatických variant, porovnání nádorové a normální tkáně a detekce genových fúzí. K dispozici jsou předpřipravená workflow pro panely Twist, QIAseq a TruSight.
Workflow pro WGS a WES s anotací podle ACMG, detekcí variant kompatibilní s GATK a anotací prostřednictvím ClinVar a HGMD.
Nástroje pro sestavení bakteriálních genomů, detekci plazmidů, profilování antimikrobiální rezistence a typizaci pomocí MLST a wgSNP.
Analýza 16S a shotgun metagenomických dat, taxonomická klasifikace a funkční profilování klinických i environmentálních vzorků.
Modul Single Cell Analysis umožňuje kontrolu kvality, clustering, projekci UMAP a anotaci buněčných typů. Představuje alternativu k nástrojům Seurat nebo Scanpy bez nutnosti programování.
Zařídíme licenci na vyzkoušení, prezentaci pro váš tým a můžeme pomoct i s převodem stávajících skriptů do postupů v CLC.